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Science | 再取新突破,張鋒開發新型的堿基編輯器

   2019-07-12 iNature1169
核心提示:先前張鋒等人開發了一種名為REPAIR的RNA堿基編輯技術(用于可編程A到I(G)置換的RNA編輯),通過將催化滅活的RNA靶向CRISPR-Cas
 先前張鋒等人開發了一種名為REPAIR的RNA堿基編輯技術(用于可編程A到I(G)置換的RNA編輯),通過將催化滅活的RNA靶向CRISPR-Cas13(dCas13)與ADAR2的腺嘌呤脫氨酶結構域融合,開發出可A至I RNA編輯方法。然而,REPAIR以及許多其他RNA編輯技術僅允許A到I的轉換。用于精確RNA編輯胞苷至尿苷的技術將極大地擴展疾病突變和蛋白質修飾的范圍。

2019年7月11日,張鋒等人在Science 在線發表題為“A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing”的研究論文,該研究通過定向蛋白進化將ADAR2轉化為胞苷脫氨酶,稱為特定C到U交換的RNA編輯(RESCUE)。 RESCUE使RNA編輯可靶向的致病突變數量增加一倍,并能夠調節磷酸化信號相關殘基。 研究人員應用RESCUE來驅動β-catenin激活和細胞生長。 此外,RESCUE保留A到I的編輯活性,通過使用定制的指導RNA實現多重C到U和A到I的編輯。RESCUE是一種可編程的堿基編輯工具,能夠在RNA中精確地進行胞苷至尿苷的轉換。 總體而言,RESCUE通過新的基礎編輯功能擴展了RNA靶向工具包,允許擴展建模和遺傳疾病的潛在治療。

2019年6月20日,美國博德研究所張鋒等人在Cell 發表題為”DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction“的研究論文,該研究展示了DNA顯微鏡,這是一種獨特的成像模式,可用于相對生物分子位置的可擴展,無光學映射。在轉錄物的DNA顯微鏡檢查中,轉錄物分子用隨機核苷酸原位標記,特異的標記每個分子。第二次原位反應然后擴增標記的分子,連接所得的拷貝,并添加新的隨機化核苷酸以唯一地標記每個連鎖事件。算法解碼來自這些連鎖序列的分子鄰近性,并以精確的序列信息推斷細胞分辨率的原始轉錄物的物理圖像。由于其成像能力完全來自擴散分子動力學,因此DNA顯微鏡構成化學編碼的顯微鏡系統;

2019年6月6日,美國博德研究所張鋒在Science 在線發表題為“RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases”的研究論文,該研究表征來自藍細菌Scytonema hofmanni的CRISPR相關轉座酶(CAST),其由Tn7樣轉座酶亞基和V-K CRISPR效應物(Cas12k)組成。ShCAST通過在原型間隔區下游60-66bp處定向插入DNA片段,該過程是催化RNA指導的DNA轉座。ShCAST將DNA整合到大腸桿菌基因組中的獨特位點,頻率高達80%,無需正選擇。 這項工作擴展了對CRISPR-Cas系統功能多樣性的理解,并建立了精確DNA插入的范例。

先前張鋒等人開發了一種名為REPAIR的RNA堿基編輯技術(用于可編程A到I(G)置換的RNA編輯),通過將催化滅活的RNA靶向CRISPR-Cas13(dCas13)與ADAR2的腺嘌呤脫氨酶結構域融合,開發出可A至I RNA編輯方法

張鋒

然而,REPAIR以及許多其他RNA編輯技術僅允許A到I的轉換。用于精確RNA編輯胞苷至尿苷的技術將極大地擴展疾病突變和蛋白質修飾的范圍。

用于胞苷脫氨基的ADAR2脫氨酶結構域的進

盡管已經利用能夠催化C至U轉化的天然酶進行DNA堿基編輯,但它們僅在單鏈底物上運行,表現出脫靶,并且在多個堿基內脫氨基。在這里,研究人員通過直接將ADAR2轉化為胞苷脫氨酶,稱為特定C到U交換的RNA編輯(RESCUE)。 

RESCUE對細胞生長和信號傳導的表型結果

RESCUE使RNA編輯可靶向的致病突變數量增加一倍,并能夠調節磷酸化信號相關殘基。 研究人員應用RESCUE來驅動β-catenin激活和細胞生長。此外,RESCUE保留A到I的編輯活性,通過使用定制的指導RNA實現多重C到U和A到I的編輯。

轉錄組范圍內的RESCUE特異性

RESCUE是一種可編程的堿基編輯工具,能夠在RNA中精確地進行胞苷至尿苷的轉換。 總體而言,RESCUE通過新的基礎編輯功能擴展了RNA靶向工具包,允許擴展建模和遺傳疾病的潛在治療。

 
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