無菌室可以建在實驗室內，作為實驗室的一個小套間。面積為4～5平方米，高2.5米左右。無菌室外應連接一個小緩沖間，面積為2平方米左右。緩沖間和無菌室的門不要建在同一條直線上，以減少空氣中雜菌進入無菌室。
無菌室和緩沖間應作到清潔、密閉性好，室內最好有換氣設備，以便在工作結束后更換室內空氣。兩個房間中應各安裝l盞30瓦紫外線燈管和照明用的日光燈，無菌室的紫外線燈應懸吊在工作臺的正上方，距臺面1米，以發揮最大的消毒功能。無菌室內的工作臺等用具用品，應經常保持清潔，避免雜菌污染。
如果沒有條件建造無菌室，可以用木制的接種箱代替。接種箱結構簡單，容易制作，其正面安裝玻璃，便于觀察。箱前方開兩個圓洞各接連1只套袖，操作時將兩臂從套袖伸入箱內進行操作。箱內也應懸吊一盞紫外線殺菌燈和一盞日光燈。

恒溫箱
用于恒溫條件下培養微生物。恒溫箱的調溫范圍一般為20～45℃之間。培養酵母菌和霉菌時，一般可調至28℃，培養細菌和放線菌時，可根據菌種的生長溫度進行調溫，一般為30～37℃。

電烘箱（干燥箱）
用于玻璃器皿等物的烤干和滅菌。電烘箱的調溫的范圍一般為40～180℃，對玻璃器皿等物進行滅菌時，可將溫度調至160℃，滅菌4小時，即可將器皿上的微生物全部殺死。滅菌完畢后，在電烘箱溫度還沒有降到50～70℃以前，不要打開電烘箱，以免器皿破裂。

冰箱
用于保藏菌種和需要低溫保存的藥品。

高壓蒸汽滅菌鍋
是微生物學實驗中最重要的滅菌工具，用于一般培養基和玻璃器皿等物的滅菌。在15磅/英寸2壓力下（121.6℃），滅菌15～30分鐘，可以殺死包括芽孢在內的全部微生物。

離心機
用它使菌體和液體培養基分開。一般多使用普通小型“蘑菇”式離心機，最高轉數為4000轉/分，用電力啟動。如果沒有條件置備電動離心機，可用手搖離心器代替。

接種針
用于接種和分離微生物。根據不同用途做成針狀、環狀、鉤狀、刀狀和鏟狀等。接種針由針頭和針柄兩部分組成。針頭由白金或鉻鎳合金（細電爐絲）制成，長約7厘米。針柄可用玻璃棒或鋁管制成，長約20厘米。將針頭燒結在針柄上即成。

天平
用于稱量各種試劑。托盤天平或扭力天平均可，感量應為0.01克。

酒精燈
用于接種時對接種工具進行滅菌。酒精燈火焰上部熱度最高，應利用這一最高溫度區燒灼接種針或試管口。

顯微鏡
用于觀察微生物的形態結構，顯微鏡應配備油鏡頭，以便能看清細菌的形態。

常用玻璃器皿
(1)培養皿（平皿）：用于盛放固體培養基，是培養微生物和觀察微生物的主要器皿。一般直徑為9厘米。可根據活動規模準備若干個。
(2)試管：用于盛放斜面培養基（固體），是接種微生物的主要器皿。常用的有兩種。較大的長220毫米，直徑20毫米；較小的長150毫米，直徑15毫米。可根據需要選用其中一種并準備若干個。
(3)錐形瓶：用于盛放液體培養基。是用液體培養基培養微生物的主要器皿。一般容量為50、100、250、300、500、1000毫升。可根據活動需要選擇和準備。
(4)量筒、量杯：用于定量量取各種液體。
(5)移液管（吸管）：一般容量為0.5、1、5、10毫升等，可根據需要選擇和準備。
(6)其它：燒杯、漏斗等。