1、生物顯微鏡的安放應選擇干燥清潔的房間，以避免光學部件發霉、金屬部分生銹以及粘滿灰塵。顯微鏡使用完畢后，即放回箱(柜)內，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操劑。
2、不要自行拆卸各部件；鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，避免灰塵從鏡筒上部進入；透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，如有灰塵，先用柔軟毛筆輕輕拂去，再用柔軟的清潔細布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油迷試擦，但注意不要在透鏡表面劃出條紋。如鏡片有輕度長霉，用擦繞紙擦不去時，可用棉簽蘸少許70％乙醇與30％乙迷混合液輕輕拭撩。
3、生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、減類或揮發性強的化學藥品放在一起，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，一般都要蓋上蓋玻片；若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后觀察。但由于進行中藥顯微鑒定時，經常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，防止液體流到載物臺上，吏不要沾到物鏡上。
4、生物顯微鏡不應在直射陽光下暴曬，也不要放在靠近爐子或暖氣的地方，以避免過劇的冷熱變化引起透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。
5、清潔接物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后即用撩鏡紙蘸少許擦鏡液拭擦(不要用乙醇)；若背面須清潔時，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去灰塵。
6、轉動粗細調比鋁調焦時，動作要緩慢，不要壓碎蓋被片，以防接物鏡和集光器受控擊而損壞。
7、使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探干凈(可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能滲入鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落)。
8、反光鏡鏡面要保護清潔，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光鏡的水銀脫落。
9、加機械部分不靈活，可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩(不得用乙醇，因為這些溶劑會侵蝕油漆)，再用少許液體石服潤滑；旋扭過緊不要強行扭動，以免損壞。
10、有時在生物顯微鏡的視野中發現有污點或異物，可先轉動目鏡，如果這些污點跟著旋轉，則可確定污點是在目鏡上；否則，可移動標本片，如污點跟著移動，則污點是在標本片上。如果兩者都不是，則污點是在物鏡上，可先撿食物鏡的前鏡頭，然后檢查后鏡頭。根據不問情況進行清潔處理。
有時視野的一部分不清晰，這可能是物鏡或目鏡的前透鏡表面有指印或灰塵，也可能是標本片做得不好或顯微鏡用法不當，如照明系統末調好等原因，應查明情況，分別解決。
11、生物顯微鏡用畢后，應將各部分擦拭干凈，格接物鏡轉成八字形，然后將鏡筒和集光器下降固定，再將反光鏡的鏡面置垂直的位置。
