更換鏡頭時應特別小心，避免手指接觸透鏡表面。鏡頭用畢應貯存于干燥潔凈的干燥皿中，一免鏡片膠合劑發霉而致損壞。

聚焦調節時，物鏡頭部不能與試樣接觸，應先轉動粗調旋鈕使物鏡盡量接近試樣（目測），然后從目鏡中觀察的同時調節粗調旋鈕， 使物鏡漸漸離開樣品直到看到顯微組織映象時，再使用微調旋鈕調至映象清晰為止。鏡頭表面有污垢時，嚴禁用手或織物擦摸，應先用專用的橡皮球吹去表面塵埃， 顯微鏡不使用時需用防塵罩蓋起（防塵罩可用玻璃、綢布等）

1、顯微鏡是精密儀器，操作時要小心，并避免突然和劇烈的震動。在下列場合不要使用儀器。靠近空調等設備的進氣孔和排氣孔的地方。靠近產生不正常噪音設備的地方。

2、不要強迫各種調節裝置越過限位，這些位置表示操作的極限。所以不要用力過大。

3、為了防止灰塵侵入，在不使用模塊時，應把原來裝在相應模塊安裝座上的密封帽套上。清潔各種玻璃部件時，嚴禁用手或手帕等擦摸，不能用嘴吹，必須先用專用的橡皮球吹去表面塵埃，再用專用擦鏡紙輕輕擦拭。要除掉指紋或油漬時，用少量的乙醚（70%）和酒精混合溶液沾濕專用擦鏡紙擦拭。注意不要把這些化學品接近明火和可能的電火花來來源，如進行開關操作的電子設備。且只能在通風良好的房間使用。

4、如果玻璃部件以外的顯微鏡其他部件臟了，用一塊干凈布擦去。如果過分臟，不要使用有機溶劑擦拭。而要使用一塊無毛軟布蘸少量中性清潔劑擦拭。

5、不要拆開顯微鏡的任何部分。這會造成功能失調或性能下降。

6、不使用顯微鏡時，一定要把主開關撥到“0”（關）。等燈室完全冷卻后，在貯藏前，把它用所提供的防塵罩蓋上。

7、顯微鏡應放置在干燥通風，少塵埃及不發生腐蝕氣氛的室內。室內的相對濕度應小于70%，要注意適時通風。但同時儀器不宜長期受陽光直射。室內溫度過低機械部分的潤滑脂容易凍結，使操作困難。在顯微鏡物鏡、目鏡裝置處放上防護罩，以防塵埃進入鏡體；儀器周圍或內腔最好放置防霉劑，如甲醛B-萘酚、麝香草酚等慢性揮發藥品。

8、操作時雙手和樣品要干凈，絕對不允許江浸蝕劑未干的試樣在顯微鏡下觀察，以免腐蝕物鏡等光學元件。操作時應精力集中，接通電源時應通過變壓器，裝卸或更換鏡頭時必須輕、穩、細心。

9、顯微鏡是一種精密貴重的光學儀器，要求非常仔細地使用和妥善的保管。要保持干燥、清潔。