通過風機將空氣吸入預過濾器，經由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使操作區域達到百級潔凈度，保證生產對環境潔凈度的要求。超凈工作臺根據氣流的方向分為垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺，根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式，按其用途又可分為普通超凈工作臺和生物（醫藥）超凈工作臺。

超凈工作臺原理是在在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有一定的和均勻的斷面風速，可以排除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以形成無菌的高潔凈的工作環境。

從氣流流向分為：垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺；超凈工作臺從操作人員數上分：分為單人工作臺和雙人工作臺；超凈工作臺從結構上分：分為常規型和新型推拉以及自循環型（僅限垂直流）。

超凈工作臺根據氣流的方向分為垂直流超凈工作臺(vertical flow clean bench)和水平流超凈工作臺(horizontalflowclean bench)，垂直流工作臺由于風機在頂部所以噪音較大但是風垂直吹多用在醫藥工程這樣保證人的身體健康；水平流工作臺噪音比較小風向往外所以多用在電子行業，對身體健康影響不大。根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式，按其用途又可分為普通超凈工作臺和生物(醫藥)超凈工作臺。

超凈臺電源多采用三相四線，其中有一零線，連通機器外殼，應接牢在地線上，另外三線都是相線，工作電壓是380V。三線接入電路中有一定的順序，如線頭接錯了，風機會反轉，這時聲音正常或稍不正常，超凈臺正面無風（可用酒精燈火焰觀察動靜，不宜久試），應及時切斷電源，只將其中任何兩相的線頭交換一下位置再接上，就可解決。三相線如只接入兩相，或三相中有一相接觸不良，則機器聲音很不正常，應立即切斷電源仔細檢修，否則會燒毀電機。這些常識應在開始使用超凈臺時就向工作人員講解清楚，免除不應造成事故與損失。

超凈臺進風口在背面或正面的下方，金屬網罩內有一普通泡沫塑料片或無紡布，用以阻攔大顆粒塵埃，應常檢查、拆洗，如發泡沫塑料老化，及時更換。除進風口以外，如有漏氣孔隙，應當堵嚴，如貼膠布，塞棉花，貼膠水紙等。工作臺正面的金屬網罩內是超級濾清器，超級濾清器也可更換，如使用年久，塵粒堵塞，風速減小，不能保證無菌操作時，則可換上新的。

超凈臺使用壽命的長短與空氣的潔凈度有。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由大氣中含有量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。

無菌室應定期用70%酒精或0.5%苯酚噴霧降塵和消毒，用2%新潔爾滅抹拭臺面和用具（70%酒精也可），用福爾馬林（40%甲醛）加少量**鉀定期密閉熏蒸，配合紫外線滅菌燈（每次開啟15分鐘以上）等等消毒滅菌手段，以使無菌室經常保持度的無菌狀。接種箱內部也應裝有紫外線燈，使用前開燈15分鐘以上照射滅菌，但凡是照射不到之處仍是有菌的。在紫外線燈開啟時間較長時，可激發空氣中的氧分子締合成臭氧分子，這種氣分有很強的殺菌作用，可以對紫外線沒有直接照到的角落產生滅菌效果。由于臭氧有礙健康，在進入操作之前應先掉紫外線燈，后十多分鐘即可入內。

在超凈工作臺上亦可吊裝紫外線燈，但應裝在照明燈罩之外，并錯開照明燈的排列，這樣在工作時不妨礙照明。若將紫外線燈裝入照明燈罩（玻璃板）里面，這是毫無用處的，為紫外線不能穿透玻璃，它的燈管是石英玻璃，而不是硅酸鹽玻璃的。

接種室內力求簡潔，凡與本室工作無直接關系的物品一律不能放入，以保持無菌狀。接種室內的空氣與外界空氣應絕對隔絕，預留的通氣孔道應盡量密閉。通氣孔道可設上下氣窗，氣窗面積宜稍大，需覆上4層紗布作簡單濾塵。在一天工作之后，可開窗充分換氣，然后再予以密閉。總之，既清潔無塵無菌，又空氣新鮮，適宜工作。覆在通氣窗上的紗布應經常換洗。但是上述種種措施只是理想的設計方案，往往不易全面做到，其實只嚴格無菌操作手續，在門窗敞開的室內，有一超凈臺的保護，接種的污染率仍可控在生產上可以容忍的水準。