1.實驗室應選擇在清潔安靜的場所，遠離生活區，鍋爐房與交通要道；
2.實驗室應選擇在光線充足，通風良好的場所，要與生產加工車間有一定距離；
3.實驗室應選擇在方便扦樣與檢驗，距離車間較近的工作場所。
二.結構和布局
根據生產實際需要，一般工廠應設置細菌與理化檢驗兼有的綜合實驗室，主要包括以下三大部分：細菌實驗室、理化實驗室、辦公室。
1.辦公室
2.理化分析實驗室
（或者和細菌檢驗操作室合并）
①理化分析室（兼作感觀檢驗室）
②儀器室（兼放細菌室顯微鏡等少量儀器）
3．細菌實驗室
①細菌檢驗操作室；
②無菌室；
③培養基制作室；
④洗滌消毒室；
一般布局要求如下：
1.辦公室：
辦公室是化驗人員進行原始記錄等各項工作的場所，是與非化驗室人員交往較多的場所，因此，應設在整體綜合化驗室的最外層，只需有桌、椅等簡單設施即可。
2.細菌檢驗操作室（常規操作）
細菌檢驗操作室是細菌培養與檢驗主要操作室，主要設施是實驗臺。
對實驗臺的要求：
a.實驗臺面積一般不小于2.4×1.3m；
b.實驗臺位置應在實驗室中心位置，要有充足光線；也可以做邊臺。
c.實驗臺兩側安裝小盆與水龍頭；
d.實驗臺中間設置試劑架，架上裝有日光燈與插座；
e.實驗臺材料要以耐熱、耐酸堿為宜。
3.無菌室：
無菌室通過空氣的凈化和空間的消毒為微生物實驗提供一個相對無菌的工作環境，無菌室是處理樣品和接種培養的主要工作間，應與細菌檢驗操作室緊密相連。為滿足無菌室無菌要求，無菌間應滿足以下布局：
a.入口避開走廊，設在細菌檢驗操作室內；
b.與操作室用兩道緩沖間隔開；
c.無菌室與緩沖間均裝有紫外燈，要求每3平米安裝30ｗ紫外燈一盞；
d.無菌室內設有實驗臺中央（實驗臺與邊臺皆可），紫外燈距實驗臺面要小于1.5m；
e.無菌室與操作室之間設有雙層窗構成小通道。
4.培養基制作室：
培養基室是制作、配制微生物培養所需培養基及檢驗用試劑的場所，其主要設備應為邊臺與藥品柜。
a.邊臺上要放置電爐，以滿足熔化煮沸培養基時用；
b.邊臺材料要耐高熱、耐酸堿；
c.藥品柜分門別類存放一些一般藥品及試劑；
d.危險、易腐易燃有毒有害藥品單獨設保險柜存放；
e.邊臺上要放天平，以稱取藥品用。
5.洗滌消毒室：
洗滌消毒室用以消毒洗滌待用與已用之玻璃器皿，培養基及污物，其面積應大于10m2 。
為滿足洗滌消毒的功能，洗滌消毒室應設有：
a.1-2個洗滌池，洗滌池上下水網要暢通；
b.器皿柜或實驗臺，以放置洗滌好器皿；
c.高壓滅菌鍋，其所用電源應滿足用電負荷；
d.室內安有通風裝置（通風柜）或換氣扇；
e.有條件的單位還可在該室內，設供日常檢驗用水蒸餾水器裝置。
6.理化分析室：
（如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合并）理化分析室是物理化學分析的主要操作室
a.實驗臺與細菌操作室要求相同
b.設置通風柜以滿足加熱、消化、干燥、燒灼和化學處理等工作需要；
c.洗滌池。
7.儀器室：
如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合并，用以放置顯微鏡、電子天平及理化分析用小型儀器；
a.要求清潔干燥、防潮防蟲、避光；
b.儀器臺要穩固、牢靠。
對于小的企業實驗室，如果沒有更多的房間進行區分，應該可以通過規劃房間分區，以保證實驗室不同工作區（潔凈區和一般操作區）之間有一定區分,因此，最少應保證4個房間或者4個分區。
1．洗刷消毒區域，這個區域要求相對獨立，最好以房間間隔,食品微生物實驗室規劃設計，因為這個區域處理廢物，有一定的污染和濕度。
2．培養基配制區域，用于培養基的配制，經常有水等，需要相對獨立一些。
3．一般操作區域，這個是主要操作區域，微生物的試驗結果的觀察，顯微鏡操作，一般的簡單理化操作，儀器設備等，都可以合并在這個房間或者區域進行。
4．無菌操作區域，無菌間，這個要求獨立。
三.一般儀器設備
（具體的儀器設備要根據實驗室的要求來選用）
1.培養箱：主要用于實驗室微生物的培養，為微生物的生長提供一個適宜的環境。
1）普通培養箱：一般控制的溫度范圍為：室溫＋５～６５度，又分為電熱恒溫培養箱和隔水式恒溫培養箱。
2）生化培養箱：一般控制的溫度范圍為：５～５０度。
3）恒溫恒濕箱：一般控制的溫度范圍為：５～５０度，控制的濕度范圍為：５０～９０％。可作為霉菌培養箱。
4）厭氧培養箱：適用于厭氧微生物的培養。
2.電熱干燥箱：用于吸管，平皿類玻璃器皿的干熱、滅菌和烘烤。
3.高壓蒸汽滅菌器（又叫高壓滅菌鍋）：物品的滅菌。
4.冰箱
5.電子天平：一般要求具備精度達到萬分之一的分析天平。
6.顯微鏡：觀察細菌形態和動力、微生物和微小物品結構的必備儀器。
7.均質器：用于均質樣品，有旋轉刀片式和拍擊式可以選擇。
8．蒸餾水器：提供蒸餾水
9．水浴鍋：部分培養溫度需要水浴（如大腸桿菌檢驗）
10.超凈工作臺：超凈工作臺作為代替無菌室的一種設備，使用簡單方便，為實驗的開展提供一個相對無菌的操作臺。超凈工作臺灣隊根據風向分為水平式和垂直式。
其它可能用到的設備：高壓鍋、厭氧培養設備、離心機、振蕩器、烤箱、恒溫水浴箱、菌落計數器、電位 pH計、高速離心機等設備。
四.常規玻璃器皿
1.吸管：用于吸取少量液體，常用的吸管為0.1刻度1mL及1.0刻度的10mL吸管。
2.培養皿：為硬質玻璃雙碟，常用于分離培養，蓋與底大小應合適，常用規格為90mm。
3.三角燒瓶與廣口瓶：多用于盛培養基及配制溶液，常用的規格有250mL、500mL、1000mL。
4.燒杯：供盛液或煮沸用，常用的規格為100mL、250mL、500mL、1000mL
5.量筒：用于液體測量，常用規格為100mL、250mL、1000mL
6.試管：用于細菌培養，有多種規格。
7.載玻片蓋玻片：細菌涂片觀察用。
8.試劑瓶：裝試劑用，常用棕色避光
9．其它,也要準備
應注意哪些問題，如試管架、毛刷、酒精燈、接種針、接種環等
五.化學試劑和培養基
化學試劑和培養基：參照所執行標準后面的附錄購買所需試劑和培養基，目前所用多為合成干粉培養基，試劑也可以購買到標準配套試劑。
六.備注
以上給出的是一般食品企業微生物實驗室規劃設計，具體到不同的公司企業還要考慮以下幾點：
1、企業本身微生物實驗室要做什么類型的微生物實驗
2、根據做什么實驗來決定需要建什么級別的實驗室
3、企業的預算資金
