黄视频欧美_超碰欧美_97久久久久久久久_久久久久久国产精品免费免费狐狸_在线免费小视频_中文字幕 国产精品

現(xiàn)代資訊現(xiàn)代實驗室裝備網(wǎng)
全國服務(wù)熱線
400-100-9187、0731-84444840

基因科技:基因檢測算法將代替生物統(tǒng)計模型

   2017-01-12 混沌科技375
核心提示:可能改變未來的一項技術(shù)之一是基因科技,據(jù)麥卡錫去年發(fā)布的一份報告,預(yù)計到2025年,全球?qū)塾嫯a(chǎn)生10億人次的全基因組數(shù)據(jù),而檢測基因的成本將下降到接近為0。在可以預(yù)見的未來,基于深度學(xué)習(xí)的基因檢測算法將會有更大的施展空間。
      可能改變未來的一項技術(shù)之一是基因科技,據(jù)麥卡錫去年發(fā)布的一份報告,預(yù)計到2025年,全球?qū)塾嫯a(chǎn)生10億人次的全基因組數(shù)據(jù),而檢測基因的成本將下降到接近為0。在可以預(yù)見的未來,基于深度學(xué)習(xí)的基因檢測算法將會有更大的施展空間。
 
 

  考慮到每一個人的全基因組數(shù)據(jù)將會達到100G,如何對這些海量數(shù)據(jù)的解讀,現(xiàn)有的生物信息方法基于統(tǒng)計學(xué)模型,而12月20日來自谷歌子公司Deepmind的科學(xué)家發(fā)表了一篇論文,提出一個名為DeepVariant的檢測工具,使用深度神經(jīng)學(xué)習(xí)中的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)CNN來檢查基因組上的單堿基突變(SNP)和小的插入缺失(Indel),其準(zhǔn)確性超越了當(dāng)前主流的生物信息學(xué)軟件GATK。而在12月30日,來自康奈爾大學(xué)的另一組研究者又獨立的發(fā)表了一篇用類似方法檢測基因變異的軟件。兩篇論文的爆發(fā)式出現(xiàn),彰顯了深度學(xué)習(xí)在基因組數(shù)據(jù)挖掘領(lǐng)域的巨大潛力。
  
  每個人的體內(nèi)都包含著3億對堿基,這些堿基的排列方式?jīng)Q定了我們從生老病死的方方面面,找到了你的基因組的差異之處,可以幫助我們了解我們的疾病的易感性,也可以知道我們的個體特征。對基因數(shù)據(jù)的傳統(tǒng)分析方法,基于貝葉斯統(tǒng)計和專家的經(jīng)驗,針對不同的檢測物種,需要很多人工的調(diào)節(jié)和試錯,并且針對不同的測序平臺,也需要進行特異性的配置。而基于深度學(xué)習(xí)的方法,巧妙的利用了圖像識別領(lǐng)域成熟的技術(shù),不止可以以通用的學(xué)習(xí)流程達到了現(xiàn)行軟件相同的水平,更獲得了由美國FDA監(jiān)管的SNP檢測算法比賽的第一名。由于這兩項研究都還處于初期,考慮到深度學(xué)習(xí)算法巨大的提升空間,在可以預(yù)見的未來,基于深度學(xué)習(xí)的基因檢測算法將會有更大的施展空間。
  
  而在表觀遺傳學(xué)上,深度學(xué)習(xí)工具DeepCpG則可以根據(jù)基因序列預(yù)測單細胞層面是否會出現(xiàn)甲基化。在小鼠的胚胎干細胞上驗證后,DeepCpG的表現(xiàn)優(yōu)于現(xiàn)有的其他軟件。甲基化會影響基因是否表達,而諸多啟動子和增強子(DNA序列中的調(diào)控區(qū))與其調(diào)控的基因之間的相互作用則會影響基因的表達數(shù)量。同樣是基于深度學(xué)習(xí)的SPEID基于基因序列預(yù)測啟動子和增強子之間的相互作用,這是第一個基于基因序列來預(yù)測啟動子和增強子的軟件,其效果優(yōu)于基于基因功能做出的預(yù)測。
  
  傳統(tǒng)的基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)大多只能檢測一個點突變(SNP)與所研究疾病的關(guān)系,而DeepWAS,這一新提出的框架則能夠根據(jù)功能單元,選擇出一組SNP的集合,來更加綜合的研究治病的基因突變,并能直接的尋找調(diào)控區(qū)域的基因突變。在一項針對抑郁癥的研究中,使用DeepWAS框架的新研究發(fā)現(xiàn)了一個新的控制抑郁癥的主要基因MEF2C。
  
  以上列出的5項研究,都來自與2016年下半年,而在2017年1月,又有一篇基于CNN的文章嘗試預(yù)測HLA基因與多肽的相互反應(yīng)。這些文章雖然都來自于論文預(yù)印本,沒有經(jīng)過正規(guī)的同行審查,但不同領(lǐng)域的大規(guī)模井噴式爆發(fā),也顯示了該領(lǐng)域的巨大潛力。隨著基因組數(shù)據(jù)的大量積累,以及深度學(xué)習(xí)開源平臺的普及,未來深度學(xué)習(xí)必將成為生物信息領(lǐng)域的“一股清流”,為人類的健康做出貢獻。
 
標(biāo)簽: 基因檢測算法
反對 0舉報 0 收藏 0 打賞 0
 
更多>同類資訊
推薦圖文
推薦資訊
點擊排行
?
主站蜘蛛池模板: 视色影院 | 国产999精品久久久久久 | 亚洲精品乱码久久久久久金桔影视 | 久久爱综合 | 亚洲国产精品久久人人爱 | 奇米亚洲午夜久久精品 | av在线天堂网| 国产欧美日韩一区二区三区四区 | 亚洲精品久久久蜜桃 | 在线天堂av | 亚洲精品电影在线观看 | 欧洲亚洲精品久久久久 | 日韩中文字幕在线播放 | 在线观看中文字幕 | 亚洲精品一区二区网址 | 成人综合区 | 国产欧美在线 | 国产一区二区三区在线 | 一区二区三区国产好的精 | 亚洲 在线 | 亚洲精品99 | 美日韩成人 | 国产福利精品一区 | 亚洲成av人片在线观看香蕉 | 亚洲激情av | 中文字幕亚洲欧美 | 欧美日韩精品免费 | 成人久久久 | 久久久精品视频免费观看 | 最新高清无码专区 | 在线精品国产 | 久久久久99精品 | 久久久久国产精品 | 色综合欧美 | 波多野结衣中文字幕一区二区三区 | 亚洲精品99| 另类视频区 | 亚洲免费观看 | 日韩视频精品在线观看 | 国产午夜精品一区二区三区 | 国产精品视频久久久 |