光照培養箱的使用，為避免細菌對實驗結果造成影響，消毒也是不可少的步驟之一。
首先要對實驗器材的消毒。
光照培養箱消毒，先用酒精擦拭內壁，通風10分鐘，紫外線照射30分鐘即可。
如果沒有紫外線照射，一般用70%的乙醇擦洗,然后再用0.1%的新潔爾滅擦洗，可再用高錳酸鉀加醛1:1比例熏一遍，注意要是熏的話千萬注意混合之后馬 上離開，然后密閉細胞培養室,因為味道具有刺激性，最好在養細胞前消毒，培養箱的底層是不可以放東西的，會影響均勻度，不利于細胞生長的環境。
使用消毒劑應小心，培養箱內有檢測溫度、溫度和二氧化碳濃度的傳感器，腐蝕性消毒劑或有機溶劑有可能損壞
不同的培養箱有不同的清潔方式，應仔細閱讀產品的具體操作手冊或者咨詢培養箱技術支持，某些器件，請慎用。還有揮發性的甲醛有毒，易燃、易爆，如果在培養箱內殘留甲醛的話是一定要注意的，會影響細胞的生長。
