SWATH™應用與BaseSpace®相結合，首次實現新一代蛋白質組學和新一代測序工具的綜合運用
2014年10月13日，中國北京 - 生命科學分析儀器技術發展的全球領導者AB SCIEX和Illumina（納斯達克：ILMN）今天聯合宣布雙方將針對OneOmics™項目開展獨家合作，將基于SWATHTM的新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）工具在云計算環境中結合使用。
AB SCIEX的SWATHTM蛋白質組學云工具套件應用將托管于BaseSpace中。這是Illumina專為推動基因組學分析而設立的應用庫和基于云的信息學社區。通過本次合作，BaseSpace將成為基因組學和蛋白質組學“大數據”的唯一存儲地點。利用快速安全而流暢的復雜多組學數據集分析，該解決方案將有助于推動生物標志發現，協助癌癥、糖尿病、老年癡呆癥和心臟病等疾病的研究。
系統生物學研究所所長Leroy Hood表示：“以AB SCIEX和Illumina雙方的精彩合作為契機，開展基因組學和蛋白質組學數據綜合分析，必將進一步推廣計算分析的應用面，實現數據分析的普及和標準化，并為生命科學的系統生物學領域提供一個平臺。”
采用獲得專利的AB SCIEX SWATHTM蛋白質組學軟件，用戶可在使用傳統“鳥槍法”蛋白質組學測量難以重現的不完整蛋白質集時，解決“丟失數據問題”。SWATHTM率先實現了針對多種樣本的可重復蛋白質組研究，并通過結合Illumina的NGS技術將進一步得到強化。
AB SCIEX總裁Rainer Blair表示：“SWATHTM軟件是一種創新型專利技術，基本無需研制新方法就能夠一次性檢驗數千個蛋白質。在與云應用結合后，我們的客戶處理數據的速度現可加快50倍。OneOmics項目將幫助組學研究取得更加理想的成效。我們已經開發出四款SWATH應用，可支持蛋白質組學質譜分析數據的處理、分析和可視化，以挖掘生物奧秘。”
隨著NGP和NGS產生數量不斷增加的數據，雙方通過密切合作幫助安全地存儲、提取和管理大規模復雜數據集并在生物環境中對其進行可視化，進而突破生物醫學研究的瓶頸。蘇黎世瑞士聯邦理工學院（ETH）分子生物學研究所的Ruedi Aebersold博士兼教授表示：“借助該平臺，研究人員能夠更迅速高效地建立可預測、可測試且行之有效的疾病模型。本質上，它把生物系統多層次分析的重點從實驗室現場數據采集轉移到計算領域，在這里可從全球范圍共享大數據集。”
AB SCIEX SWATHTM云工具套件帶來了越來越多的BaseSpace應用，能夠從SWATH™蛋白質組學質譜分析數據挖掘出生物奧秘，具體包括：
Protein Expression Extractor – 用于處理原始質譜分析數據
Protein Expression Assembler – 用于蛋白質倍數變化分析
Protein Expression Browser –用于在生物環境中對結果進行可視化
Protein Expression Analytics –用于數據質量審核
Illumina公司發展高級副總裁兼企業信息學總經理Nicholas Naclerio指出：“這些新蛋白質組學工具將系統生物學功能帶給BaseSpace，創建了一個基于云的易用型環境，有助于針對越來越多的應用快速完成數據分析。現在，任何需要真正的跨學科系統級生物學信息的人都可以從BaseSpace中找到所需信息。”
BaseSpace應用提供的信息學解決方案能夠幫助客戶充分利用日益龐大的術、商業和開源提供商群體提供的工具。BaseSpace中現已提供AB SCIEX SWATH™蛋白質組學云工具套件，敬請訪問：www.basespace.com。
