安捷倫科技生物信息學套裝新增整合生物學分析功能
GeneSpring 現可實現通路水平的多組學及新一代測序數據分析
近日，加利福尼亞州圣克拉拉市——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發布了其廣受歡迎的生物信息學軟件的重要擴展版本 GeneSpring 12.0，該軟件的推出使醫學研究水平達到一個新的高度。使用新版 GeneSpring，用戶可以在熟悉的軟件環境中分析新一代測序數據，并可以在通路水平進行跨多組學平臺數據的聯合分析。
這些新功能是在GeneSpring 之前已有的轉錄組學、基因組學、代謝組學和蛋白組學的數據分析模塊上的進一步擴展。
安捷倫副總裁生物系統事業部總經理 Gustavo Salem 談到：“隨著GeneSpring 12.0 的發布，安捷倫再次實現了一直以來的承諾，提供先進的儀器和功能強大的軟件，幫助系統生物學研究人員取得研究成果。GeneSpring 生物信息學軟件套裝集復雜分析、可視化和數據管理于一體，讓新一代整合生物學研究成為現實。”
從現在起到 8 月 17 日截止，所有客戶均可免費測試集成了新型通路構建模塊（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。
GeneSpring 12.0還包含可以用于新一代測序數據分析的 NGS 模塊。NGS 模塊經過設計和測試，可與安捷倫 SureSelect 靶向序列捕獲平臺聯用，也可用于不采用靶向序列捕獲的新一代測序實驗。質量控制（QC）管理工具是 NGS 模塊的一個重要組成部分，為研究人員提供了針對靶向序列捕獲結果圖形化、測序堿基質量、序列比對以及拼接等環節質量控制的工具。GeneSpring NGS 模塊中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知變體鑒定和特征圖譜分析、SNP標注、SNP 效應預測、結構變異檢測的工具。RNA-SEQ 工作流程，則支持在絕對和相對空間進行 mRNA 特征圖譜分析，可以實現基因和剪切變異體的檢測和差異表達分析。該工作流程包括用于新基因和外顯子檢測、基因融合分析以及復雜的統計和通路分析的工具。
安捷倫的全新生物信息學軟件GeneSpring 12.0，能夠幫助對新一代測序生物信息學沒有經驗的的生物學家，通過工作流程向導輕松實現測序數據的管理和分析。生物信息學中心也可以使用該軟件，簡化數據的分組、分類和研究過程。GeneSpring 12.0 還可以結合安捷倫免費的 eArray portal 使用，用戶通過簡便易用的界面就可以完成定制實驗。
整合來自不同組學技術的數據是系統生物學研究的重要組成部分，涉及在相同或非常相近的生物樣品中檢測不同生物學組分的豐度。研究人員可使用 GeneSpring 通路構建模塊對幾乎所有的生物學組分進行通路水平的聯合分析。這些生物學組分包括轉錄本、剪切變異體、變異分析得出的受影響基因組合、代謝物以及蛋白質。
GeneSpring 通路構建模塊，能夠幫助科學家觀察和分析人工注釋的通路內容。該功能通過WikiPathways公眾數據庫，來完善建立、注釋和查詢生物通路方面的信息。用戶還可以通過連接另一個公眾數據庫 BridgeDB ，實現在多個公開和專有注釋數據庫中進行生物標記物的比對分析。任何單組學實驗的原始數據都可以合并到多組學實驗當中，通過聯合分析，找出在許多生物學過程中均涉及的具備顯著統計學意義的通路，例如信號傳導、疾病惡化或毒性等。
GeneSpring 12.0 的定制化功能現已支持 Jython 和 R 編程語言。通過嵌入式腳本編輯器，生物信息學科學家可在 GeneSpring 12.0 的編程框架中編寫、執行和保存自己的算法和工作流程。
GeneSpring 12.0 由安捷倫與 Strand Scientific Intelligence 公司聯合研發，基于 Strand 的 Avadis技術平臺，該平臺專門為科學家簡化和應對復雜的生命科學挑戰而設計。
要了解更多有關 GeneSpring 12.0 的信息，包括要參加一系列的免費在線研討會，請訪問 www.genespring.com.cn。
GeneSpring 現可實現通路水平的多組學及新一代測序數據分析
近日，加利福尼亞州圣克拉拉市——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發布了其廣受歡迎的生物信息學軟件的重要擴展版本 GeneSpring 12.0，該軟件的推出使醫學研究水平達到一個新的高度。使用新版 GeneSpring，用戶可以在熟悉的軟件環境中分析新一代測序數據，并可以在通路水平進行跨多組學平臺數據的聯合分析。
這些新功能是在GeneSpring 之前已有的轉錄組學、基因組學、代謝組學和蛋白組學的數據分析模塊上的進一步擴展。
安捷倫副總裁生物系統事業部總經理 Gustavo Salem 談到：“隨著GeneSpring 12.0 的發布，安捷倫再次實現了一直以來的承諾，提供先進的儀器和功能強大的軟件，幫助系統生物學研究人員取得研究成果。GeneSpring 生物信息學軟件套裝集復雜分析、可視化和數據管理于一體，讓新一代整合生物學研究成為現實。”
從現在起到 8 月 17 日截止，所有客戶均可免費測試集成了新型通路構建模塊（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。
GeneSpring 12.0還包含可以用于新一代測序數據分析的 NGS 模塊。NGS 模塊經過設計和測試，可與安捷倫 SureSelect 靶向序列捕獲平臺聯用，也可用于不采用靶向序列捕獲的新一代測序實驗。質量控制（QC）管理工具是 NGS 模塊的一個重要組成部分，為研究人員提供了針對靶向序列捕獲結果圖形化、測序堿基質量、序列比對以及拼接等環節質量控制的工具。GeneSpring NGS 模塊中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知變體鑒定和特征圖譜分析、SNP標注、SNP 效應預測、結構變異檢測的工具。RNA-SEQ 工作流程，則支持在絕對和相對空間進行 mRNA 特征圖譜分析，可以實現基因和剪切變異體的檢測和差異表達分析。該工作流程包括用于新基因和外顯子檢測、基因融合分析以及復雜的統計和通路分析的工具。
安捷倫的全新生物信息學軟件GeneSpring 12.0，能夠幫助對新一代測序生物信息學沒有經驗的的生物學家，通過工作流程向導輕松實現測序數據的管理和分析。生物信息學中心也可以使用該軟件，簡化數據的分組、分類和研究過程。GeneSpring 12.0 還可以結合安捷倫免費的 eArray portal 使用，用戶通過簡便易用的界面就可以完成定制實驗。
整合來自不同組學技術的數據是系統生物學研究的重要組成部分，涉及在相同或非常相近的生物樣品中檢測不同生物學組分的豐度。研究人員可使用 GeneSpring 通路構建模塊對幾乎所有的生物學組分進行通路水平的聯合分析。這些生物學組分包括轉錄本、剪切變異體、變異分析得出的受影響基因組合、代謝物以及蛋白質。
GeneSpring 通路構建模塊，能夠幫助科學家觀察和分析人工注釋的通路內容。該功能通過WikiPathways公眾數據庫，來完善建立、注釋和查詢生物通路方面的信息。用戶還可以通過連接另一個公眾數據庫 BridgeDB ，實現在多個公開和專有注釋數據庫中進行生物標記物的比對分析。任何單組學實驗的原始數據都可以合并到多組學實驗當中，通過聯合分析，找出在許多生物學過程中均涉及的具備顯著統計學意義的通路，例如信號傳導、疾病惡化或毒性等。
GeneSpring 12.0 的定制化功能現已支持 Jython 和 R 編程語言。通過嵌入式腳本編輯器，生物信息學科學家可在 GeneSpring 12.0 的編程框架中編寫、執行和保存自己的算法和工作流程。
GeneSpring 12.0 由安捷倫與 Strand Scientific Intelligence 公司聯合研發，基于 Strand 的 Avadis技術平臺，該平臺專門為科學家簡化和應對復雜的生命科學挑戰而設計。
要了解更多有關 GeneSpring 12.0 的信息，包括要參加一系列的免費在線研討會，請訪問 www.genespring.com.cn。
