支撐計劃項目中存在的問題包括：部分在研項目課題經費管理使用不夠嚴格和規范。審計2010年的99個支撐計劃在研項目普遍存在不符合專項經費管理辦法及其他財經制度規定的問題，涉及金額10254.77萬元，其中2010年4555.01萬元。

　　此外，部分在研項目配套資金到位率低，有的虛假配套。截至2010年底，支撐計劃的15個在研項目部分課題應配套資金1.39億元，實際到位0.34億元，到位率僅為24.46%;20個在研項目部分課題使用其他項目財政資金等配套1.42億元，占應配套資金2.87億元的49.48%。

　　通報還指出，部分項目成果存在使用其他科研成果充抵的問題。在所提供的8011篇論文中，有3284篇(其中已經結題驗收項目論文成果2632篇)是用其他科研成果充抵的，占40.99%。

　　對以上問題，審計署已依法出具了審計報告、下達了審計決定書。對支撐計劃部分在研項目課題承擔單位配套資金到位率低及虛假配套問題，要求責成有關項目組織單位和課題承擔單位按規定落實配套資金，確保項目順利實施;對支撐計劃部分在研項目課題經費管理使用不夠嚴格和規范問題，要求加強對項目經費管理使用情況的監督檢查，同時責成有關項目組織單位加強對課題經費使用情況的監督檢查，督促有關課題承擔單位按照規定進行整改;對支撐計劃項目經費未及時撥付到位問題，要求今后應進一步提高支撐計劃項目經費管理水平，認真核實相關信息，確保撥款及時無誤，避免財政資金滯留。

　　據悉，科技部在審計前開展了自查，并糾正了自查發現的問題。對此次審計發現的問題，科技部將采取有效措施進行整改。