與此同時，重點研發計劃資金實行分級管理、分級負責。財政部建立重點研發計劃中央財政資金全過程審核把關和管理機制，負責重點專項概預算管理；科技部統籌相關重點專項任務布局與資源配置，負責重點專項資金的監督評估、動態調整和總體驗收評價等工作；主責單位對其負責組織實施的重點專項資金管理負總責，委托并指導專業機構做好項目資金分配、撥付、過程監管等具體管理工作，并對專業機構、承擔單位（包括項目承擔單位、課題承擔單位和課題參與單位，下同）開展資金管理和使用的監督工作。依據《辦法》，中央財政資金應聚焦重點專項關鍵研發任務，重點支持市場機制不能有效配置資源的公共科技活動，避免財政資金安排分散重復。對于以科技成果產品化、工程化、產業化為目標任務，并且具有量化考核指標的項目，原則上應當采取后補助方式予以支持。重點專項項目資金由直接費用和間接費用組成。《辦法》強調，間接費用由承擔單位統籌安排使用。承擔單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創新績效突出的團隊和個人傾斜。值得關注的是，重點研發計劃可根據項目特點，采取經費包干制管理方式，由主責單位在項目申報指南中明確。實行經費包干制的項目，項目申報單位應當本著科學、合理、規范、有效的原則申請資助額度，無需編制具體項目預算。《辦法》要求，承擔單位應當全面落實科研財務助理制度。每個課題應配有相對固定的科研財務助理，其應為科研人員編制和調劑項目預算、報銷經費、開展項目綜合績效評價等提供專業化服務。

       關于項目綜合績效評價，《辦法》明確，創新能力和潛力突出、創新績效顯著、科研誠信狀況良好的承擔單位按程序認定后，可不再開展結題財務審計，其出具的項目資金決算報表，作為項目綜合績效評價的依據。承擔單位對決算報表內容的真實性、完整性、準確性負責，專業機構適時組織抽查。《辦法》還提到，科技部、財政部、主責單位和專業機構應當根據職責和分工，建立健全覆蓋資金管理使用全過程的資金監督管理機制。同時，加強審計監督、財會監督與日常監督的貫通協調，增強監督合力；加強信息共享，避免交叉重復，減輕科研人員負擔。