與此同時(shí)，重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃資金實(shí)行分級(jí)管理、分級(jí)負(fù)責(zé)。財(cái)政部建立重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃中央財(cái)政資金全過程審核把關(guān)和管理機(jī)制，負(fù)責(zé)重點(diǎn)專項(xiàng)概預(yù)算管理；科技部統(tǒng)籌相關(guān)重點(diǎn)專項(xiàng)任務(wù)布局與資源配置，負(fù)責(zé)重點(diǎn)專項(xiàng)資金的監(jiān)督評(píng)估、動(dòng)態(tài)調(diào)整和總體驗(yàn)收評(píng)價(jià)等工作；主責(zé)單位對(duì)其負(fù)責(zé)組織實(shí)施的重點(diǎn)專項(xiàng)資金管理負(fù)總責(zé)，委托并指導(dǎo)專業(yè)機(jī)構(gòu)做好項(xiàng)目資金分配、撥付、過程監(jiān)管等具體管理工作，并對(duì)專業(yè)機(jī)構(gòu)、承擔(dān)單位（包括項(xiàng)目承擔(dān)單位、課題承擔(dān)單位和課題參與單位，下同）開展資金管理和使用的監(jiān)督工作。依據(jù)《辦法》，中央財(cái)政資金應(yīng)聚焦重點(diǎn)專項(xiàng)關(guān)鍵研發(fā)任務(wù)，重點(diǎn)支持市場(chǎng)機(jī)制不能有效配置資源的公共科技活動(dòng)，避免財(cái)政資金安排分散重復(fù)。對(duì)于以科技成果產(chǎn)品化、工程化、產(chǎn)業(yè)化為目標(biāo)任務(wù)，并且具有量化考核指標(biāo)的項(xiàng)目，原則上應(yīng)當(dāng)采取后補(bǔ)助方式予以支持。重點(diǎn)專項(xiàng)項(xiàng)目資金由直接費(fèi)用和間接費(fèi)用組成。《辦法》強(qiáng)調(diào)，間接費(fèi)用由承擔(dān)單位統(tǒng)籌安排使用。承擔(dān)單位可將間接費(fèi)用全部用于績(jī)效支出，并向創(chuàng)新績(jī)效突出的團(tuán)隊(duì)和個(gè)人傾斜。值得關(guān)注的是，重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃可根據(jù)項(xiàng)目特點(diǎn)，采取經(jīng)費(fèi)包干制管理方式，由主責(zé)單位在項(xiàng)目申報(bào)指南中明確。實(shí)行經(jīng)費(fèi)包干制的項(xiàng)目，項(xiàng)目申報(bào)單位應(yīng)當(dāng)本著科學(xué)、合理、規(guī)范、有效的原則申請(qǐng)資助額度，無(wú)需編制具體項(xiàng)目預(yù)算。《辦法》要求，承擔(dān)單位應(yīng)當(dāng)全面落實(shí)科研財(cái)務(wù)助理制度。每個(gè)課題應(yīng)配有相對(duì)固定的科研財(cái)務(wù)助理，其應(yīng)為科研人員編制和調(diào)劑項(xiàng)目預(yù)算、報(bào)銷經(jīng)費(fèi)、開展項(xiàng)目綜合績(jī)效評(píng)價(jià)等提供專業(yè)化服務(wù)。

       關(guān)于項(xiàng)目綜合績(jī)效評(píng)價(jià)，《辦法》明確，創(chuàng)新能力和潛力突出、創(chuàng)新績(jī)效顯著、科研誠(chéng)信狀況良好的承擔(dān)單位按程序認(rèn)定后，可不再開展結(jié)題財(cái)務(wù)審計(jì)，其出具的項(xiàng)目資金決算報(bào)表，作為項(xiàng)目綜合績(jī)效評(píng)價(jià)的依據(jù)。承擔(dān)單位對(duì)決算報(bào)表內(nèi)容的真實(shí)性、完整性、準(zhǔn)確性負(fù)責(zé)，專業(yè)機(jī)構(gòu)適時(shí)組織抽查。《辦法》還提到，科技部、財(cái)政部、主責(zé)單位和專業(yè)機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)根據(jù)職責(zé)和分工，建立健全覆蓋資金管理使用全過程的資金監(jiān)督管理機(jī)制。同時(shí)，加強(qiáng)審計(jì)監(jiān)督、財(cái)會(huì)監(jiān)督與日常監(jiān)督的貫通協(xié)調(diào)，增強(qiáng)監(jiān)督合力；加強(qiáng)信息共享，避免交叉重復(fù)，減輕科研人員負(fù)擔(dān)。