實驗室有機廢水處理方法可以借鑒其它有機廢水的處理。一般來說有機廢水處理技術主要包括生物法和物化法。對有機物濃度高、毒性強、水質水量不穩定的實驗室廢水， 生物法處理效果不佳， 而物化法對此類廢水的處理表現出明顯的優勢。實驗藥品回收、對實驗室廢棄物進行分類處理及回收循環再利用， 不僅能減小對環境的污染， 而且能減少化學藥品的浪費。對高濃度實驗室有機廢水， 將其中的有機溶劑如醇類、酯類、有機酸、酮及醚等回收循環使用后， 再用化學方法處理; 對濃度高、毒性大且無法回收的有機廢水， 需要進行集中焚燒處理。
實驗室廢水量少，間斷性強，危害性高，污染物的組成不同，從而導致處理的原理和方法不同，因此，處理這類廢水有一定難度。目前處理此類實驗室污水比較成熟的方法有以下幾種。
實驗室污水處理絮凝沉淀法
此方法適用于含有重金屬離子較多的無機實驗廢水。當確定了廢水中的重金屬離子后，選出合適的絮凝劑，比如石灰、鐵鹽、鋁鹽等，在弱堿性條件下可形成Mn(OH)2、Fe(OH)3、Al(OH)3等絮凝狀沉淀，同時這些絮狀沉淀也具有吸附作用，可以在去除重金屬離子的同時，去除部分水中的其他污染物，降低水中化學需氧量，提高廢水的可生化性。
實驗室污水處理硫化物沉淀法
此方法主要針對含有鎘、鉛、汞等重金屬較多的實驗室污水，一般是用Na2S或NaHS把廢水中的重金屬轉變為難溶于水的金屬硫化物，再和Fe(OH)3共沉淀進行分離。具體做法：將廢水的PH值調到8.0-10.0，向廢水中加入過量的Na2S，使其生成硫化物沉淀，再加入FeSO4作為共沉淀劑，生成的FeS將水中懸浮的金屬硫離子吸附而形成共沉淀，靜置、分離并過濾。
