當人類基因體定序計劃的重要里程碑完成之后，生命科學正式邁入了一個后基因體時代，基因芯片 (microarray) 的出現讓研究人員得以宏觀的視野來探討分子機轉。不過分析是相當復雜的學問，正因為基因芯片成千上萬的信息使得分析數據量龐大，更需要應用到生物統計與生物信息相關軟件的協助。要取得一完整的數據結果，除了前端的實驗設計與操作的無暇外，如何以精確的分析取得可信數據，運籌帷幄于方寸之間，更是畫龍點睛的關鍵。
基因芯片的應用
基因芯片可以同時針對生物體內數以千計的基因進行表現量分析，對于科學研究者而言，不論是細胞的生命周期、生化調控路徑、蛋白質交互作用關系等等研究，或是藥物研發中對于藥物作用目標基因的篩選，到臨床的疾病診斷預測，都為基因芯片可以發揮功用的范疇。
基因表現圖譜抓取了時間點當下所有的動態基因表現情形，將所有的探針所代表的基因與熒光強度轉換成基本數據 (raw data) 后，仿如尚未解密前的達文西密碼，隱藏的奧秘由絲絲的線索串聯綿延，有待專家抽絲剝繭，如剝洋蔥般從外而內層層解析出數千數萬數據下的隱晦含義。
整體分析的概略流程
要獲得有意義的分析結果，恐怕不能如潑墨畫般灑脫隨興所致。從 raw data 取得后，需要一連貫的分析流程 (下圖)，經過許多統計方法，才能條清理明的將 raw data 整理出一初步的分析數據，當處理到取得實驗組除以對照組的對數值后 (log2 ratio)，大約完成初步的統計工作，可進展到下一步的進階分析階段。
