為加強中國科學院科研基地建設，促進基礎研究、應用基礎研究和社會公益性研究工作持續、穩定地發展，中國科學院于2010年12月31日批準成立中國科學院環境與應用微生物重點實驗室，依托單位為中國科學院成都生物研究所。

　　環境與應用微生物實驗室主要面向環境污染治理的國家重大需求，瞄準國家清潔生產、節能減排與區域污染治理的關鍵科學和技術問題，開展環境微生物和污染物生物處理、微生物綠色催化工藝與機制、生物質廢棄物微生物轉化與過程調控的應用基礎和高技術研究。通過院重點實驗室平臺的建設，加強以微生物為核心的環境生物技術研究，從根本上解決環境污染與生態修復問題，對于促進和諧社會建設、解決國家經濟建設與發展中的重大瓶頸問題，具有重要的戰略意義和緊迫性。同時，可以達到增強我院在該領域的科學研究實力和提高原始創新能力、加大人才儲備以及提升本領域在國際上的學術地位的目的。