樣本處理環節抽提核酸和檢測環節擴增產物泄露均會導致核酸污染，飛濺的擴增產物會形成氣溶膠漂浮在空氣中，粘附到物體表面及檢測人員身體 上，隨著人員及物料流動而污染整個實驗室。

實驗室一旦發生核酸污染極難清除，會造成實驗室短期內無法開展工作，因此防范和清除核酸污染是分子檢測實驗室的工作重點。

目前的核酸檢測均采用閉管檢測以防止開蓋形成氣溶膠，同時采取嚴格的物理隔絕法，檢測依次分為試劑準備區-樣本準備區-擴增區-產物檢測區，且逐級壓，這些策略都最大程度地防止了氣溶膠污染，但核酸污染事故依然時有發生。由于核酸檢測步驟較多，且多個環節樣本直接暴露于空氣中，任何一個環節出現一點小紕漏就容易導致整個實驗室的污染。即使嚴格按照規程操作，核酸污染依然無法徹底避免。

核酸污染主要體現在樣本核酸或擴增產物在臺面、設備、檢測人員表面的核酸殘留，以及擴增產物形成的氣溶膠。氣溶膠由于顆粒較小，若不做處理可長期漂浮在空氣中持續影響實驗室的檢測。

核酸實驗室污染的主要原因有：標本污染； 試劑污染； 產物污染； 設備污染； 其他污染。

其解決措施 為：標本污染：重新采樣進行檢測，評估標本前處理環節；

試劑污染：更換新的試劑重新檢測評估；

設備污染：設備整體消毒清潔、維護；

產物污染：全面清潔消毒實驗室、儀器設備所有實驗有關用品。

發現污染，檢測工作應立即停止，直到確認消除污染后才能重新開始檢測。首先，要查找污染源和明確污染范圍。然后，根據污染源和污染范圍采取有效的去污染措施，結合各種不同方法以達到最佳效果。

實驗室污染的處理：

1.標本污染生物安全柜的操作臺造成局限污染時：

立即用吸水紙覆蓋，并使用0.55%含氯消毒劑進行噴灑消毒。消毒液需要現用現配，24小時內使用。

2.標本傾覆造成實驗室污染時：

保持實驗室空間密閉，避免污染物擴散。立即使用潤濕有0.55%含氯消毒劑的毛巾覆蓋污染區。必要時（如大量溢撒時）可用過氧化氫加熱熏蒸實驗室，劑量為2g/m ，熏蒸過夜；或20g/L過氧乙酸消毒液用氣溶膠噴霧器噴霧，用量8ml/m ，作用1-2小時；

3.清理污染物時：

嚴格遵循活病毒生物安全操作要求，采用壓力蒸汽滅菌處理，并進行實驗室換氣等，防止次生危害。