內部空間分為試劑準備室、樣本處理室和核酸檢測室三個獨立區間，符合加強型生物安全二級實驗室的規范要求。配備的檢測設備80%來自國內企業研發生產，其中一體化核酸自動檢測儀由上海仁度生物科技有限公司研發，啟用后能滿足上海海關至少 200 人份/天的檢測需求。

　　同時，攻關組還為實驗室配備了中控指揮、試劑準備、移動采樣等三輛移動車，可作為實驗室的有效輔助，也可以單獨使用，具備更靈活的應用可能。其中，試劑準備車能提供充足的檢測試劑，滿足社區、口岸等一線防疫陣地的應急檢測要求；中控指揮車配制了可實時觀察實驗室各區間情況和各儀器參數的中控系統，如實驗室內部或設備出現異常，可提示報警信息；移動采樣車的樣本采集能力最高可達 1000人份/天。