新型冠狀病毒肺炎疫情發生后，復旦大學和上海市疾控中心生物安全三級實驗室（BSL-3實驗室）全力開展科研攻關，努力為全國打贏疫情防控阻擊戰貢獻科技力量、上海力量。學院第一時間準備材料向國家衛生健康委員會和國家認可委申請開展新型冠狀病毒2019-nCoV的實驗活動資質，分別于1月30日、2月4日獲得批準。
在聞玉梅院士的指導下，上海市疾病預防控制中心和復旦大學上海醫學院基礎醫學院新型冠狀病毒攻關團隊密切配合，由上海市疾病預防控制中心挑選多例確認病例的鼻/咽拭子樣本用于實驗，復旦大學上海醫學院基礎醫學院新型冠狀病毒攻關團隊通過使用兩種細胞系（vero-E6和Huh7細胞）接種樣本，從一例病例樣本中，于2月7日成功分離并鑒定出新型冠狀病毒（2019-nCoV）毒株，該毒株在細胞培養中擴增迅速，可得到較高滴度的病毒；間接免疫熒光法發現病毒感染細胞顯示典型冠狀病毒樣病變-合胞體。
目前，實驗室已基本完成該病毒株的全基因組序列測定和分析，與新型冠狀病毒（2019-nCov）參考基因組（EPI_ISL_402119, GISAID）相比，同源性大于99.9%。這是上海首株分離的新型冠狀病毒株，經進一步純化、擴增和鑒定后，將為新型冠狀病毒疫苗、抗病毒藥物研制和致病機理研究等提供重要的毒種資源。
聞玉梅院士表示，上海作為國際大都市，分離出病毒株，可實時對病毒變異進行監測，開展藥物篩選及抗體中和試驗，大大加速抗新冠病毒的科研進展。
