據中國錦屏地下實驗室介紹，作為“十三五”時期國家優先安排建設的重大科技基礎設施，該項目面向超越當前粒子物理標準模型的新粒子和新物理的重大基礎前沿研究，開展暗物質直接探測實驗、無中微子雙貝塔衰變實驗、核天體物理領域關鍵核素合成過程以及恒星演化等基礎科學前沿研究，在極深地下、近零宇宙射線本底條件下，探究各類基礎前沿領域探測的新機理、新方法、新技術，發展極低輻射本底屏蔽新方法與新技術，為我國粒子物理和核物理領域的重大基礎前沿物理問題研究提供平臺支撐。

2009年，清華大學與雅礱江流域水電開發有限公司合作，在錦屏山隧道中間位置的地下2400米處修建極深地下實驗室，2010年底建成投入使用。2014年，清華大學與雅礱江流域水電開發有限公司共建“中國錦屏地下實驗室”二期工程，地下可用實驗空間由原來的4000立方米增加到30萬立方米。2016年，該項目進入了國家重大科技基礎設施“十三五”規劃。2018年底，國家發展改革委正式批復項目可研報告。2019年7月20日，該項目正式啟動，由國家發展改革委牽頭建設管理，教育部和四川省政府共同主管，法人單位是清華大學，共建單位為雅礱江流域水電開發有限公司。

自一期建成投入使用以來，該實驗室已開展了清華大學、上海交通大學各自主導的暗物質直接探測實驗，取得了一系列研究成果，在較短的時間內使我國暗物質直接探測實驗從無到有，研究水平達到國際先進，由“跟跑”變成“并跑”。與國際上其他的地下實驗室相比，中國錦屏地下實驗室巖石覆蓋最深、宇宙線通量最小、可用空間最大。