《辦法》進一步增強高校、科研院所和科研人員管理自主權。直接費用全部可調，即下放科研項目直接費用中包括設備費在內的所有科目調劑權，由項目承擔單位根據科研活動實際需要自主調整。此外，項目資金全部快撥，建立了撥付綠色通道和專賬管理機制，科研項目資金可直接撥付至項目承擔單位賬戶下設的省級科研項目資金子賬戶，對科研項目資金實行專賬管理，單獨核算，專款專用。同時，為服務粵港澳大灣區科技協同創新，明確資助香港、澳門特區高校、科研機構的省科研項目經費，可按照國庫集中支付的有關規定，由項目主管部門按規定直接撥付至港澳特區高校、科研機構。另外，項目完成任務目標并通過驗收后，結余資金全部留歸項目承擔單位使用。

《辦法》強化激勵導向，更加注重對科研人員人力成本補償，進一步調動科研人員創新積極性。部分項目間接費用提取比例得以提高，其中將智力密集型基礎研究項目的間接費比例調整為500萬元以下的部分不超過30％（原扣除比例為20％），500-1000萬元的部分為不超過25％（原扣除比例為15％），1000萬元以上的部分為不超過20％（原扣除比例為13％）。間接費用比例提高增加了績效激勵的空間。

實行高端科研人才年薪制。對全時全職承擔我省重點領域研發計劃的團隊負責人以及引進的高端人才，可實行年薪制管理。

此外，重點向一線和青年科研人員傾斜。績效支出安排與科研人員在項目工作中的實際貢獻掛鉤，適當向一線科研人員傾斜。績效支出不單設比例限制，納入單位獎勵性績效單列管理，不計入單位績效工資總量調控基數。項目承擔單位從我省重點領域研發計劃項目間接費用中提取的績效支出，應向承擔任務的中青年科研骨干傾斜。

《辦法》還加強了科研項目資金綜合監管，保障資金安全。明確項目承擔單位是科研項目資金管理的責任主體。建立完善的內部管理制度體系。

《辦法》還優化了流程。比如高校和科研院所可自行采購科研儀器設備，自行選擇科研儀器設備評審專家。對科研急需的設備和耗材，經項目承擔單位負責人批準，采用特事特辦、隨到隨辦的采購機制，可不進行招投標程序，縮短采購周期。此外，增強監督檢查的統籌性。省項目主管部門應建立健全對項目承擔單位開展科研活動和科研資金管理的事中和事后監督機制。項目承擔單位還應建立健全科研財務助理制度，為科研人員在項目預算編制和預算調整、資金開支、財務決算和驗收方面提供專業化服務，有關費用納入科研項目經費直接費用開支。