超高效液相色譜-高分辨質譜(UPLC-HRMS)已經成為蛋白質組學、代謝組學以及藥代動力學研究中的一項核心支撐技術，通過對不同生物樣品的定量研究可以全面、精細地表征該生物體系的生理特性及預測功能。在用于蛋白質組學的質譜分析中，無標定量以其穩定性和安全性逐漸占據了主要地位。MSE方法是由Waters公司開發的應用在Q-TOF類型質譜儀器上的一種組學數據采集方法，作為一種數據獨立獲取(DIA)方式，它可以提高無標蛋白質定量的準確性和動態范圍。但由于它特殊的輸出格式形式，一些致力于分析數據依賴型(DDA)數據的常用開源軟件不能對MSE 數據進行進一步的分析。

　　近日，中國科學院天津工業生物技術研究所水雯箐研究組成功建立了對基于MSE方法的無標定量蛋白質組學數據的新分析流程。在該研究中，結合開源軟件Skyline和統計軟件Diffprot建立起的工作流程，實現了對無標定量MSE質譜數據的定量分析。通過對磷酸化肽段和全細胞質蛋白質組定量數據的分析應用，驗證了新開發流程的可靠性、穩定性、準確性和透明便捷的處理流程。另外，該研究創新性地發現改進后的新流程也可以應用于對小分子化合物的大規模定量分析，在蛋白質配體相互作用實驗中，研究人員利用該新流程發現了針對藥物靶點蛋白NDM1的新型小分子配體。

　　該研究獲得國家自然科學基金和天津自然科學基金項目的支持，相關研究成果已經發表于Proteomics (2014,14:169–180)，天津工生所和南開大學聯合培養的研究生劉姍姍為第一作者。

　　

無標定量MSE數據分析流程圖