超高效液相色譜-高分辨質(zhì)譜(UPLC-HRMS)已經(jīng)成為蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)以及藥代動(dòng)力學(xué)研究中的一項(xiàng)核心支撐技術(shù)，通過對不同生物樣品的定量研究可以全面、精細(xì)地表征該生物體系的生理特性及預(yù)測功能。在用于蛋白質(zhì)組學(xué)的質(zhì)譜分析中，無標(biāo)定量以其穩(wěn)定性和安全性逐漸占據(jù)了主要地位。MSE方法是由Waters公司開發(fā)的應(yīng)用在Q-TOF類型質(zhì)譜儀器上的一種組學(xué)數(shù)據(jù)采集方法，作為一種數(shù)據(jù)獨(dú)立獲取(DIA)方式，它可以提高無標(biāo)蛋白質(zhì)定量的準(zhǔn)確性和動(dòng)態(tài)范圍。但由于它特殊的輸出格式形式，一些致力于分析數(shù)據(jù)依賴型(DDA)數(shù)據(jù)的常用開源軟件不能對MSE 數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的分析。

　　近日，中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所水雯箐研究組成功建立了對基于MSE方法的無標(biāo)定量蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的新分析流程。在該研究中，結(jié)合開源軟件Skyline和統(tǒng)計(jì)軟件Diffprot建立起的工作流程，實(shí)現(xiàn)了對無標(biāo)定量MSE質(zhì)譜數(shù)據(jù)的定量分析。通過對磷酸化肽段和全細(xì)胞質(zhì)蛋白質(zhì)組定量數(shù)據(jù)的分析應(yīng)用，驗(yàn)證了新開發(fā)流程的可靠性、穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性和透明便捷的處理流程。另外，該研究創(chuàng)新性地發(fā)現(xiàn)改進(jìn)后的新流程也可以應(yīng)用于對小分子化合物的大規(guī)模定量分析，在蛋白質(zhì)配體相互作用實(shí)驗(yàn)中，研究人員利用該新流程發(fā)現(xiàn)了針對藥物靶點(diǎn)蛋白NDM1的新型小分子配體。

　　該研究獲得國家自然科學(xué)基金和天津自然科學(xué)基金項(xiàng)目的支持，相關(guān)研究成果已經(jīng)發(fā)表于Proteomics (2014,14:169–180)，天津工生所和南開大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)的研究生劉姍姍為第一作者。

　　

無標(biāo)定量MSE數(shù)據(jù)分析流程圖