高通量自動化克隆構建系統，中心自主設計了五套大型自動化裝置，將軟件控制、硬件設備和生物應用結合在一起，實現了整個大規模蛋白表達過程的自動化(包括克隆、蛋白表達和純化)，達到全球生物自動化一流水平，從傳統手工一人次一天10個基因克隆提升到一天1000個基因克隆，極大地提高了生物實驗效率。
自主研發高精度激光雙光鑷系統，光鑷采用激光輻射壓對微米級粒子進行捕獲，并通過高精度的測量技術實現壓納米級位移和壓皮牛級力的測量。這些技術有望在蛋白質折疊、RNA聚合酶合等研究領域提供單分子層次的信息。在儀器研發方面，為拓展儀器性能，還將結合單分子熒光技術和高精度激光光鑷，有望提升蛋白質科學領域的儀器自主研發能力。
盡管仍處于緊張建設籌備中，科研活動早已緊鑼密鼓地開展。截至2013年底，中心科研項目共計31項，年度新增13項，其中包括國家重大科學研究計劃項目2項、中科院科研裝備研制項目1項以及國家自然科學基金多項。中心成立伊始，許琛琦研究組即在闡明人體免疫機制方面取得突破性進展，首次證明鈣離子能夠改變脂分子功能來幫助T淋巴細胞活化，提高T淋巴細胞對外來抗原的敏感性，從而幫助機體清除病原體。周界文研究組在研究重要離子通道蛋白p7的精細空間結構以及p7與抑制劑金剛烷胺類藥物相互作用的分子機理方面也取得重大突破，相關研究成果將大大推動新一代抗丙型肝炎病毒治療手段的研發。周兆才研究組研究發現原癌蛋白質YAP的一個天然拮抗劑蛋白——VGLL4，并在蛋白質晶體結構解析的基礎上發展出一個針對YAP的多肽類抑制劑，為以胃癌為代表的腫瘤治療提供了新的策略和途徑。雷鳴、張榮光研究組的研究論文首次在原子水平上解析了端粒酶的結構，第一次從原子層面對脊椎動物端粒酶復合物中蛋白質-RNA的相互作用進行了描述。
國家蛋白質科學中心上海(籌)在保障上海設施高效運行的同時，定位于蛋白質科學研究，研究內容涵蓋染色質結構與功能的調控、跨膜分子信息傳遞、非編碼RNA以及結構生物學新技術和方法研究等學科領域，著重開展蛋白質多尺度結構分析、蛋白質動態結構研究、蛋白質修飾與相互作用研究、設備自主創新與集成研究和生物信息學與計算生物學等五大領域的研究。在未來的科學研究中，國家蛋白質科學中心/上海(籌)/蛋白質科學研究(上海)設施將圍繞蛋白質科學研究的前沿領域和我國生物醫藥、農業等產業發展需求，保障國家中長期科技規劃綱要部署的蛋白質重大研究計劃的實施，建設高通量、高精度、規模化的蛋白質制取與純化、結構分析、功能研究等大型裝置，實現技術與設備的集成化、通量化和信息化，提供全面和完整的技術與條件保障，打造開放、協作、創新的國際一流蛋白質科學研究平臺，為我國的蛋白質科學基礎研究提供強有力的支撐。
背景介紹
蛋白質科學研究(上海)設施于2010年12月破土動工，總投資約7億元，總建筑面積3.3萬平方米，由中科院上海生科院承建，并依托上海設施同步籌建“國家蛋白質科學中心·上海”。迄今，已有逾10位諾貝爾獎得主到訪，對蛋白質中心表現出濃厚興趣。
