除了明確提出“不管是縱向科研經(jīng)費，還是橫向科研經(jīng)費，應(yīng)全部納入學(xué)校財務(wù)統(tǒng)一管理，要糾正橫向科研經(jīng)費屬于項目負責(zé)人個人所有的觀念。”《意見》還要求，建立分級管理體制，首次明確院系科研經(jīng)費監(jiān)管責(zé)任，建立健全學(xué)校、院系、課題組三級科研經(jīng)費管理體制;進一步明確學(xué)校預(yù)算管理責(zé)任和權(quán)限，建立財政資金支持的相關(guān)科研項目預(yù)算評審制度，規(guī)范了預(yù)算調(diào)整程序;加強間接費用管理，明確費用計提方式;整合管理服務(wù)職能，建立專門機構(gòu)和專業(yè)隊伍，在加強管理的同時，切實提高服務(wù)水平;綜合運用各種手段，提高監(jiān)管有效性，強調(diào)推進財務(wù)信息公開;完善科研績效管理辦法，建立鼓勵創(chuàng)新、體現(xiàn)科研實績的科研人員績效管理機制;劃出高壓紅線，嚴禁以任何方式套取、挪用、侵占科研經(jīng)費，嚴肅懲處違規(guī)違紀行為。

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　　縱向科研經(jīng)費是指政府財政撥款項目的科研經(jīng)費，實行預(yù)算管理，執(zhí)行國家相關(guān)經(jīng)費管理辦法，嚴格按照項目主管部門批復(fù)的預(yù)算范圍和開支比例規(guī)范使用科研經(jīng)費。

　　橫向科研經(jīng)費是指主要通過承接企業(yè)及社會科技項目、開展科研協(xié)作、轉(zhuǎn)讓科技成果、進行科技咨詢所取得的收入和其他科研收入。橫向科研經(jīng)費實行合同管理，必須按照項目合同書中約定的經(jīng)費使用用途、范圍和開支標(biāo)準(zhǔn)，執(zhí)行國家和學(xué)校相關(guān)辦法，合理、規(guī)范使用科研經(jīng)費。