“十二五”時期，中醫藥迎來了前所未有的發展戰略機遇期，同時，也將面臨許多新情況、新問題。《規劃》指出，中醫藥發展既要保持特色優勢又要積極利用現代科技。通過知識創新不斷豐富和發展中醫藥理論體系，通過技術創新不斷提高中醫藥服務能力和技術水平，不斷提高科技進步對事業發展的支撐作用。
《規劃》明確了未來5年中醫藥行業的重點任務，其中之一就是要“推進中醫藥科技繼承與創新”。包括進一步開展中醫藥基礎理論、診療技術、療效評價及標準等系統研究，推動中藥新藥和中醫診療儀器、設備的研制與開發。對中醫藥理論的科學內涵進行現代詮釋。系統整理和挖掘中醫古籍文獻，實現重要中醫古籍文獻的數字化。開展名老中醫藥專家學術思想及臨床診療經驗的傳承研究。挖掘、整理、總結和利用民間醫藥知識與技術。加強國家中醫藥科研機構建設，推進中醫藥科研基地特別是國家和省級中醫臨床研究基地建設。加強中醫臨床研究數據庫建設，在全國范圍形成網絡化、智能化的中醫藥臨床數據支撐平臺與管理服務共享體系，實現中醫臨床科研信息共享。繼續加強重點研究室和三級實驗室建設，爭取建設1―2個國家重點實驗室。建立符合中醫藥特點的科技創新體系、評價體系和管理體制，整合中醫藥科技資源。推行中醫藥科研課題立項、科技成果評審同行評議制度。
此外，提升中藥產業發展水平也被列為此次《規劃》重點任務之一。內容包括加強中藥(民族藥)資源保護、研究開發和合理利用，推進質量認證和標準建設。開展全國中藥資源普查，建立工作制度及技術規范，加快種質資源庫建設。加強野生中藥資源培育基地建設，強化對重要、資源有限的野生中藥原材料的宏觀調控。加強對醫療機構使用中藥飲片和配制中藥制劑的管理，鼓勵和支持醫療機構研制和應用特色中藥制劑。完善中藥注冊管理，充分體現中藥特點，提高中藥新藥的質量和臨床療效。推進實施中藥材生產質量管理規范，加強對中藥飲片生產質量和中藥材、中藥飲片流通監管。推動中藥現代化科技產業基地建設，鼓勵具有優勢科技資源和特色技術領域的企業建設重點研究室。繼續實施現代中藥高技術產業發展專項。支持中藥材種植(養殖)標準化、規模化、專業化、區域化生產，加強中藥生產關鍵技術應用與提高，培育龍頭企業，發展一批聚集效應突出的現代中藥產業基地。大力發展中醫藥相關健康產業。鼓勵和支持產學研結合和建立產業技術聯盟，提高我國中藥產業的國際競爭能力。
