在2011年2月18日舉行的“2011年全國科技工作會議”上，中國食品藥品檢定研究院獲“‘十一五’國家科技計劃執行優秀團隊”獎。
中國食品藥品檢定研究院高度重視科研工作，把科研作為提高檢驗能力、促進檢驗技術創新的重要基礎。制定了《科研工作管理辦法》， 加強科研管理的同時加大了對科研人員的獎勵力度，調動科研人員勇于創新的積極性，促進自主創新能力，逐步形成了“檢驗依托科研，科研提升檢驗”的運行機制。
“十一五”期間，中國食品藥品檢定研究院結合單位自身優勢，團結和帶動全國藥檢系統及相關科研院所技術力量，圍繞保證公眾用藥用械安全可靠，開展了大量的質量標準、檢驗技術和方法研究。承擔了“艾滋病肝炎等傳染病防治” 、“重大新藥創制”重大專項、“863”、支撐計劃、國家自然科學基金、科技基礎性工作等科技任務共計61項;參加的各類科研課題160多項。初步建立的藥品、生物制品質量控制技術平臺，在藥品安全監管及藥害事件的處理中發揮了非常關鍵的技術指導作用。特別是在2009年甲型H1N1流感全球爆發的嚴峻形勢下，憑借藥品質量控制技術平臺建設的優勢和長期技術經驗的積累，建立并實施了血凝素臨時替代方法和參比品方案，保證了我國疫苗研發工作的順利開展，使我國甲型流感疫苗率先進入臨床實驗，為我國甲型流感的防控工作爭取了先機。
